1、天然水晶在形成过程中，往往受环境影响总含有一些杂质，对着太阳观察时，可以看到淡淡的均匀细小的横纹或柳絮状物质。而假水晶饰品多采用残次的晶渣、玻璃渣熔炼，经过磨光加工、着色仿造而成，没有均匀的条纹、柳絮状物质。
2、即使在炎热夏季的三伏天，用舌头舔天然水晶表面，也有冷而凉爽的感觉。假的，则无凉爽的感觉。
3、天然水晶石是大自然的产物，天然水晶中除了顶级的天然水晶通透无瑕，璀璨洁净外，一般的天然水晶石都会有棉絮和冰裂等天然印记的存在，而人造水晶晶莹剔透，完全无杂，这也是天然水晶石和人工水晶石最好分辨的特点。
4、在天然水晶中，常有包裹体和绵，而合成水晶晶莹剔透，个别则有气泡或固体杂质。近来一些合成水晶内常有一些三角形长管状气孔，在这些气孔中有绿色或红色粉状物。这种长管的特点是沿一个方向平行排列，断面为三角形，里面常有不均匀的绿色或红色粉状物沿壁分布，中间往往是空的，长管端头有变尖的趋势。而真正的天然水晶是含阳起石、金红石等矿物的晶体，这些矿物各有其晶形。它们被包在水晶中，无方向性随意排列，粗细长短各异，并常伴有天然水晶所固有的包裹体和绵等。
5、合成水晶尤其是彩色合成水晶的特点是颜色经绝对均一。而天然水晶则不可能每个部分颜色都很均匀，它天生带有色差。这点在黄晶身上就特别明显，它的黄色实际是一块颜色辐射到整块水晶，而不是整块都是黄的。
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