盆栽柠檬修剪的原因有二：一是盆小土少，提供的养分有限，不能满足柠檬生长的需求，必须进行修剪；二是，通过整形修剪，调节树体内营养的合理分配，使有限的养分集中供给芽、叶，形成更多的结果枝，从而达到花果满枝。
盆栽柠檬在春梢萌发前，必须进行强度修剪，首先去除枯枝、病害枝、徒长枝、内向枝、交叉枝、萌生枝等。对强枝弱剪，留4-5个饱满芽；弱枝强剪，留2-3个芽，促使每个枝条多发健壮的春梢。春梢长齐后，为控制其徒长，可进行轻剪，剪去枝梢3-4节。以后长出的新梢有6～8节时就摘心，目的是诱发较多的夏梢。
柠檬树修剪是对树体实施枝梢处理技术，通过修剪，人为调节树体生长和结果的关系，充分发挥树体结果的潜力，达到丰产稳产和优质的目的。
柠檬树修剪的手法有很多，主要有摘心、疏枝、短截、回缩、抹芽、扭梢、锯主枝等基本手法。
（1）摘心：指在生长季节，对尚未停止生长的新梢摘除顶端一段。
（2）疏枝：指将一个梢或枝组甚至骨干枝从基部剪除。
（3）短截：指将一年生新梢或多年生枝剪去一部分的剪截方法
（4）回缩：指剪除多年生枝组的先端部分
（5）抹芽：指在夏、秋梢抽生至1～2厘米时，将嫩芽抹除的方法。
（6）扭梢：指将一些枝梢从基部3～5厘米处用手捏紧，大幅度旋转扭曲或向下扭曲。
（7）锯主枝：用修剪锯从扰乱树形大枝的基部锯除。
（8）断根：挖开树冠下层，切断部分1～2厘米粗的大根和侧根。
修剪一般分为冬剪与夏剪。冬剪应本着“删密留疏，去弱留强”的原则，剪去枯枝、短截弱枝和无初空作用的徒长枝。夏剪在无结果树上主要短截过长的枝梢，在结果树上抹去夏梢，短截树冠外围中上部的衰退枝条。促花与保果柠檬本是四季开花结果的树种，而北方盆栽则多是春季开花结果。因此在秋梢停止生长后，须控水。待叶片两侧开始内卷，再适度浇水，以促进花芽分化。注意盆内施肥，叶面喷肥，培育健壮的结果母枝。
幼树和初结果树修剪的主要目的是培养树冠骨架，以便更快更好地扩大树冠。幼树修剪在冬季适宜，在生长季应进行摘心和必要的短截，尽可能地保留枝叶和辅养枝。修剪要点：
1、长梢摘心
幼树宜抽长梢，各季枝梢抽生后，除对长梢保留8～10片摘心外，其余均要作嫩梢摘心。留长度20～25厘米为宜，充实健壮树冠，早分枝、多分枝，从而尽快扩大树冠。
2、及时抹除徒长枝
徒长枝扰乱树形，浪费养分，应及时抹除。
3、拉枝
对长势旺盛的直立枝梢，宜采用拉、撑的方法。较强枝下拉，撑大分枝解角40°～50°，对幼树采取拉、撑措施，可使幼树提早1～2年结果。
4、抹芽放梢
对幼树可在夏季进行抹芽放梢，即放一次秋梢，以利于尽快扩大树冠。
5、夏梢修剪
生长强旺的幼树，抽发的强旺梢较多。由于长势强旺的夏梢不易抽生秋梢，又不利于花芽分化，在5月至7月进行抹芽和疏剪。因此，在8月上旬全部剪除，使之在8月下旬至9月上旬抽发较多的秋梢。这些秋梢在次年多数开花结果。
6、辅养枝培育
通常在树冠内抽生的小枝，只要不是徒长枝和过密枝，一般都应保留。这些小枝常常是幼树的良好结果母枝。
7、疏花疏蕾
对幼树在计划产果前的弱树出现的蕾和果，应及时疏除，以促进树体营养生产，尽快形成结果的树冠而投产。
需要注意的是，幼树宜抽长梢，各季枝梢抽生后，除对长梢保留8至10片叶其余摘心外，还应要作嫩梢摘心，留20到25厘米长为宜，充实健壮树冠，早分枝、多分枝，从而尽快扩大树冠。